更替苍海桑田，见惯了见风使舵顺水行船，感情上没什么接受不了的。
但是，方密之让新王朝失望了，他是个性情中人，无视危机与利益，只根据心中的道德观念行事，凭着感情喜好行事，只做自己认为对的事。投我以木瓜，报之以琼瑶，方密之对于崇祯的知遇之恩愿意以死相报，对杀死崇祯的凶手自然不感冒。无力为崇祯报仇，只能是非暴力不合作，方密之不配合新朝的工作安排，反而冒着被杀头的危险在崇祯灵前痛哭，为崇祯吊孝祭拜，比许多深受国恩的重臣对崇祯更加深情。
方密之的做法惊动了朝野，不但新朝官僚对他不感冒，前朝许多同僚也站出来怒斥方密之：“你这么做是什么意思？合着就你是忠臣、我们都是奸臣？我们臭了你很高兴？你这摆明了是踩着我们而去博你的贤名！难道这便是你们文人的蝉噪林逾静鸟鸣山更幽？还是江碧鸟逾白山青花欲燃？跷跷板玩的挺溜嘛，压低别人抬高自己，没看出来呀，小小年纪白白净净竟然是个心机婊？”
在大家积极与旧王朝割裂、向新主子表态的情况下，方以智的做法显然是在打大家的脸，将大家置于道德对立面。大家脸上下不来，向新朝廷举报方密之心恋旧主意图复辟，对新朝形成了巨大威胁，要求新朝对其进行严惩。
按照剧本中的说套路，新朝廷应慨叹“大明义士何其之多也!可惜朱氏不能用!若能用，则吾安敢正眼相觑哉!”然后感其气节，礼为上宾，拜为高官。
但新朝廷都是些文盲，没读过书且没肚量，他们认为在全国人民激烈讨伐旧政权、欢天喜地迎新政权诞生的氛围中，方密之的哭声非常不合时宜，是在挑战新朝廷的权威，是在打新朝的脸。
新王朝刚建立，刀剑未收，杀气未敛，正在虎视耽耽查找一切不安定因素，想着杀人立威，干掉出头鸟以杀鸡骇猴，震慑霄小，一眼看见了正在哭丧着脸的小刺头方密之。
大家都在笑，就你在哭？！既然你搞的我仍将都没心情笑了，我们就拿你开刀吧！
为了打击方密之及以其为代表的一小撮顽冥不灵者，李自成朝廷毫不犹豫地将方密之定性为死不悔改、欲要颠覆江山、抢夺果实、推翻朝廷的顽固派，第一时间将方密之抓进监狱。
随后没什么新意，根据记载，监狱里还是老一套，说服教育加棍棒教育，金刚手段加菩萨心肠。狱警满腔激愤义正辞严拷问方密之ＩＰ、ＩＣ、ＩＱ密码，同时又本着惩前毖后治病救人的态度通知其家属重金赎人。
后人为了体现方密之的坚贞不屈、顺便谴责新政权的凶残狠毒，详细描述了方密之在狱中的悲惨遭遇，说他在出狱时“两髁骨见”，总之是非常惨。
由于不懂“髁”的意思，我查了一下字典，“髁”即肘或膝的关节部位。也就是说，方密之的关节处露出了骨头。
这有点意思了。膝或肘关节处本来就薄薄一层皮，与骨头间没有脂肪或肌肉保护，一擦破了必然见骨，甚至都不会流血，再正常不过的事。因为破了点皮就不依不饶，上纲上线，感觉是有人在帮着方密之碰瓷。
从另一方面讲，如此吹毛求疵仍然没找到方密之的其它内伤或外伤，可见方密之并没有遭受太过严重的监狱暴力，只有一小丢丢皮外伤，不要紧，可忽略，不过一定要尽快去医院，迟了的话伤口就会自己愈合的。
这才符合常理，因为农民军没必要严刑拷打方密之。如一个老梗中所描述：你们暴打了我整整三天三夜，抽一鞭子恶狠狠问一句“说一说”，你他马倒是问呀，你不问我说什么，让我说总得告诉我你想知道什么吧。
农民军为什么要拷打方密之？大家没怨没仇的，若是要钱，李自成对旧王朝官员按级别明码标价，交钱赎人，相信方家不会讨价还价或者拒不付款的。
纯粹瞅着不顺眼才要毒打？也不会，狱警们忙的很，不会在这里浪费力气的。战场上你死我活杀死敌人是为了取得胜利，狱中毒刑拷打犯人是为了获得机密。农民军实在是找不见虐待方密之的理由，为什么要暴打一个科学家？为了逼着他尽快研制出可以上山的水稻还是冬天可以叮人的抗寒蚊子吗？
还好方密之吃牢饭的时间并不长。几天后，李自成兵败山海关，随后逃离了北京。京城的监狱管理出现了问题，方密之趁乱逃跑。
在清人接管京城之前，方密之跑到了南京，投靠了新成立的南明朝廷，想继续为大明效力，为崇祯报仇。
方密之非常想当官并且还想当大官，这点与四子其他人不一样：侯方域和吴应箕没文凭没资格当官；冒辟疆因为被老朱家抢了老婆不愿当官。
南明政府刚成立时比较重视干部工作，皇帝弘光是个过日子的人，深知家底薄没有任性的资本，捡到篮里便是菜，虚怀若谷广招各路英才。
不过形势很快发生了变化，原大明的精英都涌到了南京，搞的这里人才多如狗，高官满地走到，南京巴掌大的地方实在放不下这么多英
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