船的指挥官，暂且可以称他为“斯巴达克”，是个天生具有反抗精神的军人，他执着地认为舰队远征是帝国皇室为了削减人口、掌握资源、集中统治的骗局。斯巴达克很善于利用年轻萨尤丁难民的愤怒，在自己运输船的民众面前游说，讲明这个国家在宇宙中的流浪是多么无谓、邪恶和黑暗，他们现在已经没有出路，早晚都会死在太空里，不如与那些利用专制享乐的皇室同归于尽。
斯巴达克迅速组建出一支反叛起义军，他们以攻击邻近运输船的魔鬼行为向统治者宣战，宣告这里存在着一个非同小可的威胁。随后斯巴达克又通过广播发表《起义宣言》，萨尤丁舰队内战正式爆发。
数万年以立体形整齐排列的舰队方阵瞬间分崩离析。反叛起义军驾驶小型的萨尤丁飞船攻击主舰，澜矿为能源制成的空间武器可以直接将敌舰碾碎变成分子尘埃，有些被热核炸弹击中的舰船爆炸形成的金属云不断扩散，接触到另一艘舰船后引爆，黑暗的宇宙中吹过一阵死亡风暴，悄无声息地推倒了这本就即将倾覆的多米诺骨牌，带走数亿无辜萨尤丁人的生命。
恺撒作为领袖，没有任何在太空中作战的军事经验可循，他只能率先派遣龙骑士团和皇家护卫军对叛军的攻势进行压制，然后指挥主舰通过空间跳跃躲避追击，尽可能保证皇室安全，并趁机靠近一些已经没有任何生命迹象的运输船，收集它们剩余的所有澜矿资源，随即开始拆卸各种部件，尽管如此，还是有许多澜矿掉落在了宇宙空间，无法回收。恺撒没有时间为他的子民们默哀，他组织出几支精锐的冲锋队向斯巴达克的起义军发起反击，他们利用超强的电磁脉冲对起义军舰船的通讯造成干扰，然后使用反应速度最快的激光武器射击，破坏防御护盾后，冲锋队潜入斯巴达克所在的舰船。
与此同时，斯巴达克的起义军内部也产生了矛盾和分歧，部分族人主张暂停攻击，驾驶现有的百艘舰船脱离舰队，离开帝国的控制范围，寻求自由，既不用大批量地与皇家军队交火，又能建立自己的势力；但有另一批人是接受过萨尤丁帝国的正统教育，他们不愿意离开自己的民族，希望与皇室作战取得胜利，重组政权，继续留在舰队生活。
正因如此，起义军内部精神涣散，极度动摇，冲锋队顺利控制了主舰控制室，当时甚至有众多萨尤丁人变成龙形在舰内肉搏。冲锋队司令、拥有皇室血统的年轻的克拉苏，持枪击毙了企图逃走的斯巴达克。这位悲情的起义军领袖败在自己不确定的目标之下。
上千艘运输船在动乱中变得只剩百艘，仍有少部分舰船脱离了队伍，企图更改航向寻找殖民地，而这场带来惨痛教训的叛乱战争确实改变了一些事实。恺撒勇于进行理性的思考，决定进行大规模改革帝国的权力网络，他甘愿减少自身和皇室的权力，毅然将帝国议会解散，而是改组出具备约束君主效力的元老院，设置行政官、军事指挥官、财政官等高级职位辅佐君主统治。恺撒撕下了这个文明“帝国”的名号，将他们的国家重新命名为“新撒克逊君主共和国”，他认为萨尤丁族人在哪里生存，哪里就是新撒克逊，无论他们漂泊到宇宙何处。
浸泡在和平主义的喜悦当中，恺撒带领着他的亲信以及皇室、元老院的众人安稳地躺进了冬眠舱室——因为恺撒激动地接到侦察组的通知，说在猎户座支臂边缘奇迹般地发现了一颗正在恒星系中自然成长的行星，整体环境经检测与他们的母星极为相似，这是一颗使萨尤丁族能够迅速适应的蓝色星球：地球。
距今约六千年前，萨尤丁舰队成功抵达地球所在的同步轨道，再一次感受到沐浴在黄色太阳照耀下的温暖。就在准备顺利登陆新家园之际，再一次的动乱爆发，由于恺撒尚未从冬眠中苏醒，此时的舰队管理者缺乏经验指引和对旧起义军残余势力的重视，甚至对于军队的虚弱和混乱、间谍暗探对于运输船设施的渗透破坏、资源的交换和流失毫无察觉，这直接导致了一支号称“斯巴达克残党”的起义者暴动，他们企图消灭更多同胞以换取新世界更多的空间和资源。
恺撒被紧急唤醒，并立即投入到镇压斯巴达克残党的战斗中。这场战斗发生在地球同步运行轨道，损毁严重的舰船有的坠落在月球背面，有的被太阳的引力吞噬，有的则迫降在地球各处，其中运输船携带的大量澜矿也散落至地球。随着残余舰队的几经破坏，斯巴达克残党的攻势也逐渐减弱，暴力行径被皇家护卫军拦截后，残党的斗士们集体在飞船内自尽身亡。
此时的萨尤丁族已经仅剩以恺撒为首的寥寥几千万臣民，这对于一个文明来说，是毁天灭地级别的灾难，是无尽的绝望和惶恐，无际的太空就这样在它黑暗的怀抱中哺育出了黑暗的残酷的新萨尤丁人。剩余的几艘主舰就这样带着充足的澜矿、冗余的关键建设材料和悲痛登上了六千年前的地球。
而他们惊恐地发现，地球已经存在智慧生命作为它的主人了。这个与他们极为相像却没有特殊能力的种族还处在他们文明的初期阶段，这是一个已经输在起跑线上的世界。但不知是出于礼貌还是怜
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